Обитель была основана при храме в честь Рождества Пресвятой Богородицы в 1995 г.
Сам храм был построен в 1796 г. на деньги вдовствующей генерал-майорши Анны Васильевны Поздняковой.
Пафнутий-Боровский монастырь основан преподобным Пафнутием Боровским (1395-1477). Он в 1444 году срубил вместе с учениками первый деревянный храм на берегу Протвы.