Обитель построена на том месте, где 4 августа 1924 года, в день памяти святой равноапостольной Марии Магдалины, верующие жители села Александровки на общем собрании постановили основать здесь монастырь для сохранения чистоты Православия от посягательств церковной секты так называемой „иннокентьевщины”.

В 1826 – 1837 гг. здесь был возведен одноименный каменный храм. В 1838 году первый архиепископ Херсоно-Таврической епархии с центром в Одессе Гавриил (Розанов) выбрал место при этом храме для строительства архиерейского дома с консисторией и Семинарией. Но бывший тогда временным пристанищем иерарха дом графа Потоцкого оказался очень удобным, что владыка Гавриил исходатайствовал у Святейшего Синода окончательную передачу здания под покои архиепископов Херсоно-Таврических.

Николаевский монастырь принадлежал Афонскому Каракальскому монастырю. Основан был святогорскими монахами. Точное время основания этого монастыря неизвестно. Известно только, что княгиня Роксандра, жена молдавского князя Иоанна Александра пожертвовала 36 тысяч левов монахам Афонского Каракальского монастыря. Эти деньги монахи использовали, чтобы выкупить монастырь у турецкого паши Мустафы Челеби, который по приказы турецкого султана Селима конфисковал его в казну.

Сей монастырь был основан в 1905 году крестьянином села Борисовки Марином Зизоном, которому дважды являлась в видении Божия Матерь и повелела начать строительство обители на указанном месте. М.Зизон по своему состоянию был бедным, но возложил свое крепкое упование на Господа Иисуса Христа и Его Пречистую Матерь и с великим смирением принялся исполнять Божественную волю.

1 июня 1824 года последовало утверждение Святейшим Синодом ходатайства о преобразовании Фонтанского архиерейского подворья в Одессе в Свято-Успенский мужской монастырь.