Сей монастырь был основан по благословению Киевского митрополита Петра (Могилы) в 1636 году. Вначале обитель была мужским монастырем. У ее истоков стоят православные волынские вельможи Даниил Малиновский и Лаврентий Древинский. В том же году при монастыре было организовано Братство, которое защищало Православие и противо действовало распространению в Кременце и его окрестностях унии.

История Свято-Духовского монастыря-скита уходит в далекое прошлое, когда здесь вершил свои труды и подвиги преподобный Мефодий. На одной из Почаевских гор после чудесного явления Божией Матери в столпе огненном преподобный воздвиг в 1203 году деревянную часовню, а в 1219 году на вершине той горы был заложен монастырь-скит.

Волынь - древнейшая среди христианских земель Древней Руси; вслед за первопрестольным Киевом, одной из первых она была бы вправе отмечать тысячелетие своего крещения. Но, может быть, самые ранние проповедники Слова Божия появились здесь еще раньше: по преданиям западная часть нынешней Волыни уже в конце IX века входила в епархию равноапостольного Мефодия (+ 885), простиравшуюся от Моравии до волынских рек Буга и Стыри.