В монастыре были четыре каменных церкви: Соборная Святителя Николая, с юго-западного угла с ней была пристроена в 1690 г. малая церковь Всех Святых, Покрова Пресвятой Богородицы с приделом Воздвижения Животворящего Креста Господня (1592 г), Вознесенская (1691 г.) над Святыми вратами, надвратная Иоанно-Предтеченская (1764 г).
Антониев Николаевский Краснохолмский монастырь
После революции Краснохолмский Николаевский Антониев монастырь постигла участь многих монастырей России. Он был разрушен и от построек конца XVII века до нас дошли остатки стены, Братский корпус, настоятельские кельи и северо-восточная башня. Стены Никольского собора, постройки XV века, тоже отчасти сохранились. Возможно, храм бы больше уцелел, если бы разорение святыни не продолжалось и по сей день, и не растаскивался кирпич уникального памятника. А ведь где-то среди этих одиноких стен находится место, где под спудом лежат святые мощи угодника Божиего преподобного Антония Краснохолмского.