А благодаря тому, что обитель была окружена высокими и толстыми каменными стенами, сюда в 16-м веке была перенесена государственная казна. Уже в 1612-м году монастырь становится штабом Минина и Пожарского во время ополчения Владимира, Суздаля, Костромы и других городов. Символично, что внутренние своды Святых ворот были украшены сценами из Апокалипсиса, где изображены драконы, чудовища, ангелы и всадники.
Древнейшее здание в монастыре и во всем Ярославле - Спасо-Преображенский собор (1506-1516). Северная паперть собора была в свое время монастырским книгохранилищем. Здесь в конце XVIII в. обнаружена знаменитая рукопись "Слово о полку Игореве".
