В настоящее время Крестовоздвиженская церковь оказалась внутри сложной формы 5-этажного административного здания ВНИИ рыбного хозяйства, стены которого кое-где включают в себя остатки храма. С запада, где теперь находится вестибюль, сохранилась часть трапезной со сводом, на котором иногда, по словам работников института, проступают росписи. Вдоль южной части на первом этаже имеется извилистый коридор с явными частями старых стен. Зал заседаний на первом этаже в центре здания также содержит фрагменты древней постройки.
В 1891 году на новом монастырском кладбище по проекту архитектора А.А.Никифорова был построен храм Всех Святых с приделом Казанской Божией Матери. В подклете храма устроили усыпальницу для желавших завести семейные склепы. В храме возвели беломраморный иконостас, выполненный по рисункам Н. И. Чичагова. Расписывали церковь как и некоторые другие монастыри Москвы иконописцы Троице-Сергиевой лавры. В 1889–1897 годах южнее Всехсвятского храма по проекту того же архитектора были выстроены два симметричных относительно его продольной оси двухэтажных каменных корпуса для келий и монастырского училища.
Храм Всех Святых уцелел, хотя и сильно пострадал. В конце 1990-х гг. его возвратили верующим. Ныне он почти восстановлен.
Летопись Алексеевского монастыря
В летописи под этим годом упоминается о сооружении после опустошительного пожара итальянским зодчим Фрязином Алевизом каменной церкви Алексия человека Божия. А после страшного пожара в 1547 г. царь Иоанн Грозный перевел монастырь ближе к Кремлю в урочище Чертолье (ныне улица Волхонка).
После перенесения обители на новое место на Остоженке осталась небольшая монашеская община, но уже к 1584 г. она была преобразована в Зачатьевский монастырь, у которого своя богатая история и который существует и в наши дни.