Иоанно-Богословский мужской монастырь был основан святителем Ионой, епископом Пермским, в 1462-1463 годах в Чердынском крае, будущей Пермской губернии, близ того места, где впоследствии возник город Чердынь. В 1764 году Екатериной II была проведена церковная реформа, в результате которой были закрыты многие монастыри и церкви. Не избежал этой участи и Иоанно-Богословский монастырь - в 1764 году он был оставлен на собственном содержании, в результате чего пришел в совершенный упадок и был закрыт в 1784 году.