В середине 1999 года на руины разоренной обители возвратились иноки. Первым делом они обустроили несколько келий, затем оборудовали храм для Богослужения в помещении больничной церкви. Расчистили уцелевшие части знаменитых подземных сооружений и приступили к восстановлению пещерной церкви.
Ссылки:
Монастыри и храмы УПЦ
В 1656 году происходит важное событие в судьбе древней Молченской Пустыни: настоятелем становится старец Софроний, имя которого в последствии получит возрожденный древний монастырь.
Известно, что в миру Софрония звали Стефаном Батоврином, родом из Путивля, происходил из славянского купеческого рода. По оценке современников, Софроний был "старец строгой жизни, предприимчивого характера и решительный". Вместе со своими сподвижниками Илией и Никоном он положил прочное начало возрождению Молченской Пустыни и добился от патриарха Московского и всея Руси Никона права на полную самостоятельность, которую она с 1605 по 1656 год не имела.
Преемником Софрония стал иеромонах Серапион - "муж чудной жизни и высоких добродетелей". Он уделял большое внимание благоустройству монастыря. Благодаря ему архитектурный ансамбль Софрониевой Пустыни пополнился каменным двухэтажным храмом, на первом этаже которого располагалась теплая Свято-Благовещенская церковь, на втором - холодная Свято-Успенская.
Более 20-ти лет успешно управлял Софрониевой Пустыней настоятель Серапион. Умер в 1718 году.